Keputusan berdirinya SMA St. Yohanes adalah tanggal 15 Mei 1982, dengan Surat Keputusan Yayasan USABA Nomor: B/067/Pend-3/82 yang ditandatangani oleh Bapak Uskup Ketapang, Mgr. Blasius Pujaraharja,Pr. Dalam kesempatan itu, Br. Drs. Alfonsus Marzuki ditunjuk sebagai Kepala Sekolah yang pertama. Meski bernaung di bawah Yayasan USABA, manajemen sekolah sepenuhnya dikelola oleh Yayasan Pangudi Luhur yang bernaung di bawah Kongregasi Bruder FIC.

Murid angkatan pertama kala itu terdiri dari 2 kelas. Kegiatan belajar menumpang di SMP USABA I ( sekarang St. Albertus) dari tahun 1982 hingga awal tahun 1984, dan diadakan pada sore hari. Mengingat masih terbatasnya tenaga guru, maka guru SMP USABA I juga turut ambil bagian dalam proses mengajar. Berkat kerja keras pendahulu dan dengan semangat tinggi siswa angkatan pertama tahun 1981/1982, maka luluslah mereka pada tahun 1983/1984, terdiri dari 16 orang program IPA dan 28 orang program IPS. Lulusan Angkatan Pertama ini lulus 100%. Pada tahun 1984, sebuah gedung baru di Jalan S.Parman No. 3 berdiri. Kegiatan belajar segera dialihkan ke gedung baru.. Dengan suasana baru, tentu memberikan semangat kepada segenap keluarga SMA St. Yohanes untuk terus berbenah diri.

Murid dan guru pun semakin bertambah. Meski cukup banyak murid yang gugur di tengah jalan karena alasan tertentu, namun hal ini tidak menyurutkan semangat warga SMA St.Yohanes. Justru mereka yang masih ada, para guru, karyawan, serta murid semakin bertekad untuk terus maju. Dan hasilnya tidak sia-sia. Semakin banyak siswa maka semakin banyak pula prestasi akademik maupun nonakademik.

Pro Scientia Et Amor adalah semboyan SMA PL Santo Yohanes yang berarti dalam melakukan proses pendidikannya mengedepankan ilmu pengetahuan dan cinta kasih. Kedua hal tersebut sangat ditekankan dalam mewujudkan kepribadian manusia Indonesia unggul yang baik dalam pengetahuan maupun moralitasnya.

Visi SMA Santo Yohanes adalah usaha mewujudkan penguasaan ilmu pengetahuan dan penghayatan cinta kasih dalam terang iman Kristus. Dalam proses pendidikannya SMA PL Santo Yohanes mempunyai missi yakni mendampingi kaum muda menuju perkembangan moral, integritas pribadi dan intelektualitas secara optimal sebagai bekal hidup berbangsa, bernegara, menggereja dan bermasyarakat. Atas dasar visi, missi serta semangat Pro Scientia Et Amor maka tujuan pendidikan yang dicita-citakan oleh SMA PL Santo Yohanes adalah (1) Mendampingi siswa agar berkembang secara optimal dalam bidang ilmu pengetahuan, nilai-nilai moral dan integritas pribadinya. (2) mendampingi siswa agar kelak siap untuk memqasuki jenjang pendidikan yang lebih tinggi. (3) mendampingi siswa agar mereka menyadari potensi dan eksistensi dirinya sebagai individu maupun bagian dari kelompok sosial bahwa mereka perlu mempersiapkan diri demi masa depan hidupnya.

Kini, di bawah pimpinan Drs. Br. Petrus I Wayan Parsa, FIC, MA jumlah siswa mencapai 796 orang. Suatu jumlah yang dirasa gemuk. Jumlah total 19 kelas merupakan sekolah terbesar di Ketapang. Sebagai sekolah yang banyak diminati masyarakat (Stakeholders) SMA ini selalu saja mengadakan pembenahan di sana-sini. Kerja sama YPL dan Komite sekolah serta berbagai instansi telah banyak mendatangkan kemajuan dari segi sarana dan prasarana. Lab. Komputer yang disiapkan berbasis internet, lab. IPA baru selesai di bangun serta sebuah ruang doa. Kegiatan ekstrakurikuler diantaranya sport club, jurnalistik (General News, St. John Post), Pramuka, Pecinta alam(Repatones),PMR, UKS, Koor, taekwondo, vocalgroup, Leadership menjadi andalan siswa.